该博物馆是一座以展示发扬民族文化为主，兼具收藏、展示、研究、阅览、教育、宣传《蒙古秘史》为主的综合性公益性文化场所。总使用面积6220平方米，由序厅、中央可汗厅、曲雕厅、书海厅、纳忽厅、斡难厅6个展厅和伊金广场组成，共展示各类文物、艺术品、书籍等2676件。
作为一家以世界名著《蒙古秘史》为主题的博物馆，鄂托克旗蒙古秘史博物馆系统展示了《蒙古秘史》原始资料、相关文献资料，珍藏了成吉思汗金币、元代画押、八思巴文铜钱等重要文物211件，陈列了由中蒙30多位画家绘制的《蒙古秘史》系列油画作品和13种《蒙古秘史》系列艺术品，开拓了在世界范围内把一部典籍用多种载体、多种工艺艺术再现的先河。
《蒙古秘史》是蒙古族第一部书面著作，它记载了一代天骄成吉思汗的先祖谱系和他本人一生的业绩，同时也记载了太宗窝阔台汗统治时代的历史。这部罕见的史册，生动地描绘了古代蒙古社会生产活动、组织机构、氏族变迁、部落战争、社会心理、民间习俗等诸多方面，又使其成为古代蒙古社会历史的百科全书。